Το Πανεπιστήμιο Κρήτης φροντίζει για τη διασφάλιση και την ανάδειξη της ποιότητας του εκπαιδευτικού και ερευνητικού του έργου.

Με συνέπεια και διαρκή προσπάθεια, έχει κατορθώσει να συναγωνίζεται επάξια τα μεγαλύτερα Ευρωπαϊκά Πανεπιστήμια στην ποιότητα της έρευνας αλλά και της προπτυχιακής και μεταπτυχιακής εκπαίδευσης.

Είναι το πρώτο ελληνικό πανεπιστήμιο που, από το 2000, επεδίωξε την εξωτερική αξιολόγηση για το σύνολο των δραστηριοτήτων του (το 2000 από προσκεκλημένους εξωτερικούς εμπειρογνώμονες και τo 2001 από την European University Association - EUA.

Σήμερα, η διαδικασία Εσωτερικής αλλά και Εξωτερικής Αξιολόγησης, όπως προβλέπεται από τη σχετική νομοθεσία και εποπτεύεται από την Αρχή Διασφάλισης και Πιστοποίησης της Ποιότητας στην Ανώτατη Εκπαίδευση (Α.ΔΙ.Π.), έχει ολοκληρωθεί και στα 16 Ακαδημαϊκά Τμήματα του Πανεπιστημίου Κρήτης. Τα κείμενα των Εκθέσεων Εσωτερικής και Εξωτερικής Αξιολόγησης είναι διαθέσιμα προς μελέτη στην ιστοσελίδα της ΜΟ.ΔΙ.Π. και των Ακαδημαϊκών Τμημάτων.

Η αρμοδιότητα για τη διαμόρφωση του Εσωτερικού Συστήματος Διασφάλισης Ποιότητας και των διαδικασιών υλοποίησής του ανήκει στην Μονάδα Διασφάλισης Ποιότητας (ΜΟ.ΔΙ.Π.) του Πανεπιστημίου Κρήτης.