Η αξιολόγηση των ιδρυμάτων ανώτατης εκπαίδευσης πραγματοποιείται σε δύο στάδια: Το πρώτο στάδιο αφορά στην αξιολόγηση του επιτελούμενου έργου από τις ίδιες τις ακαδημαϊκές μονάδες των ιδρυμάτων ανώτατης εκπαίδευσης σε σχέση με τη φυσιογνωμία, τους στόχους και την αποστολή τους (εσωτερική αξιολόγηση). Ύστερα από την ολοκλήρωση του πρώτου σταδίου ακολουθεί σε δεύτερο στάδιο η αξιολόγηση του επιτελούμενου έργου από επιτροπή που αποτελείται από ανεξάρτητους εμπειρογνώμονες, η οποία λαμβάνει υπόψη και τα αποτελέσματα της έκθεσης εσωτερικής αξιολόγησης της ακαδημαϊκής μονάδας (εξωτερική αξιολόγηση).
Η διαδικασία της εσωτερικής και εξωτερικής αξιολόγησης επαναλαμβάνεται το αργότερο κάθε τέταρτο έτος από την έναρξη της προηγούμενης αξιολόγησης. Κατά την επανάληψη της διαδικασίας αξιολόγησης εξετάζεται και η υλοποίηση των πορισμάτων της προηγούμενης αξιολόγησης, ιδίως των προτάσεων, υποδείξεων και συστάσεων της επιτροπής εξωτερικής αξιολόγησης. Ειδικότερα, εξετάζεται κατά πόσον αντιμετωπίστηκαν οι αδυναμίες και αποκλίσεις που επισημάνθηκαν κατά την προηγούμενη αξιολόγηση και η πορεία εφαρμογής των μέτρων που λήφθηκαν για τη διασφάλιση και βελτίωση της ποιότητας της έρευνας και της διδασκαλίας, των σπουδών και των λοιπών υπηρεσιών που παρέχονται από τα ιδρύματα ανώτατης εκπαίδευσης.
Στην αξιολόγηση των ιδρυμάτων ανώτατης εκπαίδευσης συμμετέχουν οι φοιτητές ή σπουδαστές σύμφωνα με τις διαδικασίες και τον τρόπο που προβλέπεται από τις διατάξεις του νόμου.
Τις διαδικασίες αξιολόγησης των ιδρυμάτων ανώτατης εκπαίδευσης συντονίζει και υποστηρίζει σε εθνικό επίπεδο ή ανεξάρτητη διοικητική αρχή με την επωνυμία "Αρχή Διασφάλισης της Ποιότητας στην Ανώτατη Εκπαίδευση" (Α.ΔΙ.Π.).
Σε κάθε ίδρυμα ανώτατης εκπαίδευσης συγκροτείται με απόφαση του οικείου ανώτατου συλλογικού οργάνου "Μονάδα Διασφάλισης της Ποιότητας" (ΜΟ.ΔΙ.Π.) για το συντονισμό και την υποστήριξη των διαδικασιών αξιολόγησης του ιδρύματος. Η ΜΟ.ΔΙ.Π. συνεδριάζει υπό την προεδρία του Αντιπρύτανη ή Αντιπροέδρου Ακαδημαϊκών Υποθέσεων του οικείου ιδρύματος και στη σύνθεσή της μετέχουν τρία μέλη του Διδακτικού-Ερευνητικού Προσωπικού, ένας κοινός εκπρόσωπος του λοιπού επιστημονικού και διοικητικού προσωπικού, ένας εκπρόσωπος των προπτυχιακών φοιτητών και ένας εκπρόσωπος των μεταπτυχιακών φοιτητών, που ορίζονται από τους αντίστοιχους φορείς. Η οργάνωση, η λειτουργία και οι αρμοδιότητες της ΜΟ.ΔΙ.Π. καθορίζονται με την απόφαση του οικείου ανώτατου συλλογικού οργάνου κάθε ιδρύματος.
Οι ακαδημαϊκές μονάδες κάθε ιδρύματος ανώτατης εκπαίδευσης υποβάλλουν κατ' έτος στη ΜΟ.ΔΙ.Π. του ιδρύματος μια εσωτερική έκθεση που περιλαμβάνει συγκεντρωτικά στοιχεία με ποσοτικά δεδομένα για τους φοιτητές, τα μέλη ΔΕΠ, το λοιπό επιστημονικό προσωπικό, το διοικητικό προσωπικό, το πρόγραμμα σπουδών, τη φοιτητική μέριμνα, τις διοικητικές υπηρεσίες, την υλικοτεχνική υποδομή και κάθε άλλο θέμα που αφορά τη λειτουργία της ακαδημαϊκής μονάδας. Με βάση τις εσωτερικές εκθέσεις των επί μέρους ακαδημαϊκών μονάδων, από τις οποίες αποτελείται κάθε ίδρυμα ανώτατης εκπαίδευσης, η ΜΟ.ΔΙ.Π. συντάσσει κάθε διετία την αντίστοιχη εσωτερική έκθεση του οικείου ιδρύματος. Το περιεχόμενο των εσωτερικών εκθέσεων που υποβάλλουν οι ακαδημαϊκές μονάδες ή συντάσσουν οι ΜΟ.ΔΙ.Π. των ιδρυμάτων ανώτατης εκπαίδευσης μπορεί να εξειδικεύεται περαιτέρω και να τυποποιείται με απόφαση του Υπουργού Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων που εκδίδεται ύστερα από πρόταση της Α.ΔΙ.Π.
