Η “αξιολόγηση”, όρος, ο οποίος χρησιμοποιείται για να περιγράψει μια διαδικασία της διασφάλισης ποιότητας, συνίσταται στη συστηματική, τεκμηριωμένη και λεπτομερή αποτίμηση, ανάδειξη και καταγραφή του έργου του Πανεπιστημίου Κρήτης, με τη χρήση αντικειμενικών κριτηρίων, καθώς και στην κριτική ανάλυση και διαπίστωση υφιστάμενων αδυναμιών και αποκλίσεων σε σχέση με την ακαδημαϊκή φυσιογνωμία, τους στόχους και την αποστολή του Ιδρύματος.
Η εσωτερική αξιολόγηση, είναι μία τακτικά επαναλαμβανόμενη συμμετοχική διαδικασία και διενεργείται υπό την ευθύνη της ΜΟΔΙΠ του Ιδρύματος. Πρόκειται ουσιαστικά για μια διαδικασία αυτοαξιολόγησης, που σηματοδοτεί την ταυτότητα του Πανεπιστημίου Κρήτης (ή της ακαδημαϊκής μονάδας), καθώς αποτυπώνει και αναδεικνύει όλα τα χαρακτηριστικά της λειτουργίας του (της), θετικά και αρνητικά, και καταγράφει τους στόχους (της).
Η διαδικασία εσωτερικής αξιολόγησης ολοκληρώνεται με τη σύνταξη της Έκθεσης Εσωτερικής Αξιολόγησης, η οποία εγκρίνεται από τη διοίκηση του Ιδρύματος (ή της ακαδημαϊκής μονάδας) και αποστέλλεται στην ΕΘΑΑΕ για να ακολουθήσει, στη συνέχεια, η διαδικασία της εξωτερικής αξιολόγησης.